Noto come Chiesa di San Sebastiano, è il primo edificio costruito a Mantova su progetto di Leon Battista Alberti. La lentezza dei lavori, dopo le iniziali accelerazioni negli anni Sessanta del 1400 e l’attenzione rivolta dal committente Ludovico Gonzaga alla nuova chiesa di Sant’Andrea, lasciarono la struttura incompleta in molte parti. Il restauro condotto da Andrea Schiavi nel Novecento ha influito pesantemente sul progetto iniziale con l’inserimento degli scaloni laterali non previsti da Alberti. Nella chiesa superiore una sezione espositiva approfondisce il tema della decorazione architettonica mantovana del secondo Quattrocento. La chiesa inferiore è Famedio ai Caduti per la Patria.