Il museo si trova in Piazza Castello all’interno del vasto complesso monumentale di Palazzo Ducale.
Le collezioni del museo comprendono materiali neolitici, dell’età del bronzo, etruschi, veneti, celtici, romani, longobardi, goti, medievali e rinascimentali provenienti dal territorio mantovano.
All’interno del museo sono esposti gli “Amanti”, scheletri del Neolitico ritrovati sepolti abbracciati in località Valdaro, nei pressi della città.